Le ricerche sul genoma umano risalgono ai primi decenni del Novecento. Da allora nei laboratori di tutto il mondo si lavora costantemente in sinergia per elaborare dati che possano dare una spiegazione ad una delle questioni più profonde per l’uomo: la storia della sua evoluzione.
L’attività scientifica sul genoma ruota intorno all’acquisizione di informazioni utili per individuare le eventuali implicazioni di alterazioni nella sequenza del DNA nello sviluppo di patologie nell’uomo e comprendere le basi genetiche dell’evoluzione e del funzionamento dell’organismo.
Lo scopo è la descrizione completa del genoma mediante sequenziamento, cioè l’identificazione delle coppie di basi azotate che formano il DNA e mappare le migliaia di geni del genoma umano.
Il Centro di Ricerca Sviluppo e Studi Superiori (CRS4)
“Ogni ‘run’, il sequenziamento del DNA di un singolo individuo, dura circa una settimana” ha spiegato Lidia Leoni, Direttore Infrastrutture Servizi, Calcolo e Reti del CSR4 “ha un costo che arriva ad alcune decine di migliaia di euro e produce una quantità di informazioni che richiede capacità di storage sino a 8 TB”.
Questa l’attività quotidiana del CSR4, centro interdisciplinare di ricerca applicata sito a Pula, nel Parco Tecnologico in Sardegna. Creato nel 1990, grazie alle potenze delle sue infrastrutture si occupa di progetti a respiro internazionale con risultati di prestigio. Attualmente collabora con i più importanti centri di ricerca nazionali ed internazionali.
“Questa quantità enorme di informazioni è oggetto di elaborazioni” ha proseguito Leoni “che portano ad ottenere un file di testo, dell’ordine dei GigaByte, che rappresenta il Genoma Umano della persona. Questo file viene conservato a lungo mentre i TeraByte originali vengono cancellati dopo un breve periodo”.
Per supportare questo progetto è sorta con il tempo l’esigenza di un’infrastruttura storage dedicata che fornisse adeguate garanzie di performance, funzionalità e scalabilità per far fronte alla quantità crescente di informazioni da gestire.
“Abbiamo ritenuto che le tecnologie EMC fossero maggiormente in linea con le nostre necessità rispetto ad altri vendor” ha spiegato Leoni “I nostri criteri di scelta e selezione si basano per il 70% sulla valutazione tecnica del prodotto e per il 30% su quella economica”
EMC per la ricerca
I sistemi forniti al CSR4 da Sinergy, partner di EMC per le soluzioni storage, sono due Celerra NS-480: uno dotato di dischi Fibra Channel per una capacità complessiva di 50 TB e l’altro equipaggiato con dischi SATA per 200 TB totali.
Sono sistemi multi protocollo che supportano contemporaneamente connettività NAS (CIFS, NFS) iSCS e Fibra Channel. Elevate prestazioni, ottima scalabilità di configurazione sono le caratteristiche essenziali.
Nei sistemi EMC Celerra NS- 480 vengono registrate sia i TB delle informazioni e immagini generate dalle macchine sequenziatrici, mantenute in linea per un periodo di tempo limitato, sia i file ottenuti dalle successive elaborazioni per un’archiviazione a lungo termine.
Le caratteristiche di performance e affidabilità delle tecnologie di EMC hanno risposto appieno alle esigenze del CRS4: “Le loro funzionalità ci hanno dato la possibilità di fornire un servizio ad alto livello” ha concluso Lidia Leoni “Inoltre ci tranquillizzano anche per le future richieste di maggiore capacità, a volte difficili da prevedere.
L’aumento consistente e continuo dei dati riferiti al progetto rende difficoltosa qualsiasi previsione nel breve periodo tento che nei primi sei mesi dell’anno abbiamo già esaurito la capacità prevista dell’intero 2009”.
