Oxford University e Oracle collaborano per velocizzare l’identificazione delle varianti di COVID-19

Oxford University e Oracle collaborano per velocizzare l’identificazione delle varianti di COVID-19

La partnership permetterà il sequenziamento e l’esame genomico globale attraverso una piattaforma specializzata sviluppata su Oracle Cloud Infrastructure per aiutare a mitigare l’impatto delle varianti potenzialmente pericolose di COVID-19

L’emergere di varianti più infettive del virus COVID-19 minaccia di rallentare la ripresa globale e, potenzialmente, di vanificare l’attuale immunità vaccinale. Per aiutare i governi e la comunità medica a identificare queste varianti e ad agire più velocemente, l’Università di Oxford e Oracle hanno creato un sistema di analisi globale degli agenti patogeni (Global Pathogen Analysis System, GPAS) che combina la piattaforma Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) di Oxford con la potenza di Oracle Cloud Infrastructure (OCI). Questa iniziativa sfrutta il lavoro di un consorzio finanziato dal Wellcome Trust che include le agenzie di tutela della salute del Galles e dell’Inghilterra oltre all’Università di Cardiff.

“Questo nuovo potente strumento consentirà agli scienziati e ai ricercatori di sanità pubblica, istituti di ricerca, agenzie di servizi sanitari e diagnostica di tutto il mondo di contribuire a una maggiore comprensione delle malattie infettive, a cominciare dal coronavirus”, ha affermato Derrick Crook, professore di microbiologia nel dipartimento di medicina Nuffield dell’Università di Oxford. “Il Sistema GPAS aiuterà a stabilire uno standard comune globale per assemblare le informazioni e analizzare questo nuovo virus, così come altre minacce microbiche per la salute pubblica. Questo aggiunge una nuova dimensione alla nostra capacità di elaborare i dati degli agenti patogeni. Siamo entusiasti di collaborare con Oracle per far progredire ulteriormente la nostra ricerca, grazie a questa piattaforma tecnologica all’avanguardia”.

Utilizzata inizialmente per la tubercolosi, la piattaforma SP3 è stata riproposta per unificare, standardizzare, analizzare e mettere a confronto i dati di sequenziamento di SARS-CoV-2, ottenendo sequenze genomiche annotate e identificando le nuove varianti e quelle preoccupanti. La capacità di elaborazione di SPè stata migliorata grazie all’esteso lavoro di sviluppo da parte di Oracle, che ha garantito un elevato livello di prestazioni e sicurezza, oltre alla disponibilità del sistema SP3 in tutto il mondo 7×24 su Oracle Cloud. Il sistema SP3 fornirà ora risultati completi e standardizzati delle analisi su COVID-19 entro pochi minuti dall’invio, su scala internazionale. I risultati saranno condivisi con i paesi di tutto il mondo in un ambiente sicuro.

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“L’opportunità di compiere un esame sistematico delle varianti genetiche in una serie di patogeni porterà grandi benefici alla salute pubblica mondiale. Questo programma, con Oracle come partner, ci porta un passo più vicino all’obiettivo”, ha commentato Sir John Bell, Regius Professor of Medicine all’Università di Oxford.

Unitamente alle estese funzionalità di machine learning di Oracle Cloud, gli scienziati, i ricercatori e i governi in tutto il mondo possono per la prima volta collaborare a elaborare, analizzare, visualizzare e agire su un’ampia raccolta di dati sul COVID-19 – compresa l’identificazione delle varianti di interesse e il loro potenziale impatto sull’efficacia del vaccino e della terapia. Per esempio, le dashboard di analisi nel sistema mostreranno quali ceppi specifici si stanno diffondendo più rapidamente di altri e se le caratteristiche genetiche contribuiscono a incrementare la trasmissibilità e la diffusione del vaccino. Oxford ha già elaborato metà delle sequenze di SARS-CoV-2 del mondo, pari a oltre 500.000 in totale.

“C’è un forte bisogno di cooperazione globale sul sequenziamento genomico e sull’esame del virus COVID-19 e di altri agenti patogeni”, ha affermato Larry Ellison, fondatore, chairman e CTO di Oracle. “Il sistema SP3 migliorato stabilirà uno standard globale per la raccolta e l’analisi dei dati dei patogeni, permettendo così ai ricercatori e ai medici di comprendere meglio il virus COVID-19 e altre minacce microbiche per la salute pubblica”.

Il prossimo passo sarà quello di estendere questo servizio a tutti gli agenti patogeni, collaborando contemporaneamente con scienziati di istituti di ricerca, agenzie per la salute pubblica e aziende private per garantire che questo lavoro possa supportare il processo decisionale sulle strategie di risposta alle pandemie in tutto il mondo.  Ricercatori e organizzazioni non-profit potranno utilizzare la piattaforma a titolo gratuito, in tutto il mondo.

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Il parere della comunità sanitaria

“La piattaforma SP3 è il risultato del coinvolgimento, delle attività di progettazione e di test condotte negli ultimi anni grazie a una stretta collaborazione tra i ricercatori dell’Università di Cardiff e dell’Università di Oxford, del Dipartimento della Salute inglese e dell’Istituto Europeo di Bioinformatica, insieme ad altre parti interessate della salute pubblica nel Regno Unito. Questo nuovo sistema di analisi globale degli agenti patogeni permetterà agli scienziati che collaborano di analizzare un insieme di dati globali in modi nuovi, fornendo una migliore intelligence sulle varianti di virus che destano preoccupazione e sul loro potenziale di diffusione”, ha detto il professor Thomas R Connor, School of Bioscience dell’Università di Cardiff.

La dottoressa Isabel Oliver, Director of the National Infection Service del Dipartimento della Salute inglese,  ha sottolineato, “Questa donazione è un gradito rinforzo della nostra capacità di condividere i dati del sequenziamento genomico con i colleghi di tutto il mondo. Analisi genomiche efficaci e dati ampiamente disponibili non sono solo cruciali per i nostri sforzi collettivi volti a combattere l’attuale pandemia, ma porteranno benefici anche per la risposta ad altri agenti patogeni in futuro. Questo potrebbe potenzialmente avere un impatto positivo di vasta portata sulla salute pubblica internazionale e sulla sicurezza sanitaria globale. Con l’emergere di nuove varianti del virus SARS-CoV-2 in tutto il mondo, è necessario uno sforzo globale cooperativo per una risposta efficace. Collaborazioni come questa sono assolutamente vitali per consentirci di mitigare l’impatto del COVID-19 sulla popolazione mondiale, e per continuare a rafforzare la nostra capacità di affrontare le minacce emergenti negli anni a venire”.